Origines du Chien Domestique

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silramil
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Message par silramil » jeu. janv. 24, 2013 5:43 pm

Je me dévoue :

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Ce dont on ne peut parler, il faut le faire.

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Bull
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Message par Bull » jeu. janv. 24, 2013 8:31 pm

Patrice a écrit :Salut,

Ce que j'aime bien avec les travaux en génétique, c'est leur immense validité statistique. Par exemple, concernant la domestication du chien:
http://www.pnas.org/content/109/23/8878
we analyzed 49,024 autosomal SNPs in 1,375 dogs (representing 35 breeds) and 19 wolves.
1375 chiens contre 19 loups. Ce qui suppose le parti-pris de considérer les loups comme un ensemble homogène, sans variations locales... Si on compare deux espèces ont prend deux échantillons de même taille, non?
Qui plus est, chacals (officiellement plusieurs espèces), loup et coyote (et donc chien) sont parfaitement interféconds.

La preuve:
http://en.wikipedia.org/wiki/Sulimov_dog
http://fr.wikipedia.org/wiki/Loup_rouge

A+

Patrice
Salut Patrice,

Je ne suis pas sur de comprendre ton intervention. Donc ma réponse sera peut-être complètement HS.

Si tu regardes l'arbre phylogenetique du genre Canis (ici) tiré d'un papier de Nature de 2005, ou bien d'autres arbres phylogenetiques plus fins (ici cette fois) l'origine du chien domestique ne fait pas trop de doute.

La question sous-jascente à l'article de de PNAS (que je n'ai lu que superciellement, donc si je me trompe je le lirai plus en détail) est plus de par rapport à une domestication qui aurait eu lieu une seule fois, ou plusieurs fois, à endroit ou à plusieurs endroits etc...


Par ailleurs, en amont de cette question, la notion d'especes, sa définition, les conséquences de ces définitions, me mettent assez mal à l'aise avec des organismes génétiquement aussi proches.

Tous les chiens domestiques (grands, petits, poils, pas poils, couleurs etc...) ben c'est la même chose, ce sont de minimes changements phénotypiques.

Je ne sais pas au niveau anatomique ce que cela donnerait (du fait de la différence de tailles entre certains phenotypes), mais in vitro, tout cela (tous les types connus de Chien) donne des fecondation in vitro sans aucun probleme.

Pour l'accouplement entre canis plus eloigés génétiquement des uns des autres, le succès ou l'echec d'enfants fertiles est-elle une bonne définition d'une séparation fondamentale suffiante pour parler de nouvelles espèces ?

Je ne sais pas. La question est très pertinente/interessante (rapporte un peu à la question sapiens vs neanderthal abordé dans un autre sujet)


Le fond de tes interventions Patrice, laisse à penser (mais peut-être est-ce totalement spéculatif et faux de ma part) que tu as des doutes quand à l'utilisation de la biologie moléculaire dans tout cela, et que tu préfère les analyses macroscopiques, comportementales etc...

Les nouvelles techniques de séquençage à haut débit ont toutes leurs défauts. c'est vrai, mais l'impact sur les analyses générales qu'elles ont pu avoir, et continuent à avoir, est assez formidable.


Mais peut-être que quelque chose m'échappe dans tes propos.




P.S : dans ce papier de PNAS, considerer le "loup gris", le canis lupus comme un genre phenotypiquement plus homogene que le chien domestique, le canis lupus familiaris, me semble une hypothèse de travail rationnel.

Ils parlent bien de loup gris de l'hemisphère nord, et ont preleve des specimens des pays suivant :
Belarus
Belarus
Russia
Russia
Russia
Bulgaria
China
China
Spain
Spain
Spain
Spain
Italy
Italy
Canada
Canada
Canada
Canada
Canada
USA
Ce qui semble valable.
La question a ensuite été de savoir si les varietes de chiens les plus anciennes (au niveau genetiques) avaient un lien plus ou moins proche avec la genetique de loup de tel ou tel regions pour essayer de voir si telle sous espece de chien tres ancienne n'aurait pas ete initalement selectcionne plutot vers le Canada que vers la Bulgarie.

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Sylvaner
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Message par Sylvaner » jeu. janv. 24, 2013 8:43 pm

Bonsoir,

la biologie moléculaire peut apporter des réponses précieuses et sans doute de plus en plus précises sur le "quand", mais elle ne peut pas grand chose sur le "comment".

Je me souvenais de cet article de vulgarisation, qui date un peu mais qui par chance est en ligne...

L'expérience des renards russes a déjà été évoquée ici, je crois - et la rapidité des effets phénotypiques d'un comportement supposé "acquis" ne cesse de me surprendre.
L'impossibilité moderne à vraiment domestiquer un loup est moins surprenante, elle se contente en fait de reformuler la subtile différence entre "avoir un ancêtre commun avec" et "descendre de".

L'hypothèse de "l'auto-sélection" précoce des proto-chiens, qui se seront isolés seuls de leurs congénères Canis lupus avant l'intervention de l'homme me paraît enfin biologiquement et éthologiquement assez crédible.

P.S. : pour les hybrides non fertiles, ce sont vraiment des conditions extrêmes. Quiconque a vu concevoir un mulet du poitou sait que ce n'est une partie de plaisir ni pour l'âne, ni pour la jument, ni même pour l'éleveur.
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Bull
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Message par Bull » jeu. janv. 24, 2013 9:19 pm

Sylvaner a écrit : (...)

la biologie moléculaire peut apporter des réponses précieuses et sans doute de plus en plus précises sur le "quand", mais elle ne peut pas grand chose sur le "comment".
(...)
Je suis d'accord. Sortie de la pure chronologie des événements (telle mutation a eu lieu avant celle ci, ceci est un ancêtre commun à ces deux là etc...), cela peut peut être donner des pistes de réflexions, mais cela sera avant tout spéculatif.

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Patrice
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Message par Patrice » jeu. janv. 24, 2013 9:25 pm

Salut Bull,

Si tu veux, pour ma part, quand on veut comparer deux espèces (mais c'est aussi valable pour n'importe quoi d'autre), on s'efforce de prendre deux échantillons de taille équivalente. Rien n'empêche d'avoir des variantes locales entre les loups gris, d'autant plus que, par exemple, il y a pu y avoir à travers les siècles de nombreux croisement avec les chiens domestiques. Ces croisement ont existé: quand tu vois la gueule des derniers loups capturés en France au début du XXe siècle, tu as plutôt l'impression de voir des grands chiens jaunes. Rien ne dit que le loup gris soit réellement une espèce génétique homogène. Pour l'établir il faudrait plus de 19 individus.

Ce que je reproche aux généticiens dans ce domaine, c'est de vouloir faire de l'histoire sans même aborder les méthodes de l'histoire quantitative. Ca donne souvent en archéologie des trucs débiles comme il y un ou deux ans une équipe allemande qui disait: "hourah, on a apporté la preuve que les premiers Allemands venaient bien d'Asie mineure". Sauf qu'ils ont comparé 18 squelettes du Néolithique allemand avec les populations actuelles de la Turquie... sans même penser qu'une partie non négligeable de ces populations viennent justement d'Europe, et notamment de la région d'où venait les squelettes néolithiques (avec les Galates). C'était proprement ridicule.
Nombreuses sont les études qui reposent sur des échantillons ridicules. Par exemple celle qui établi l'existence de l'homme de Denissova: un seul génome extrait d'un unique os! Et avec ça on en tire des conclusions du des populations actuelles...
L'approche génétique en paléontologie et en archéologie a de l'avenir, j'en suis persuadé, mais pour cela il va falloir que les généticiens travaillent un peu plus avec les historiens.

A+

Patrice

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Patrice
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Message par Patrice » jeu. janv. 24, 2013 9:30 pm

Re,

Tiens, sinon, un truc rigolo sur le fait qu'avoir des différences génétiques n'entraine pas forcément de différences morphologiques: les muntjacs, ou cerfs aboyeurs.
Leurs cartes chromosomiques sont... étranges.
http://en.wikipedia.org/wiki/Muntjac

A+

PAtrice

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Message par Bull » jeu. janv. 24, 2013 10:47 pm

Patrice a écrit :
L'approche génétique en paléontologie et en archéologie a de l'avenir, j'en suis persuadé, mais pour cela il va falloir que les généticiens travaillent un peu plus avec les historiens.

A+

Patrice
Yep. Malheureusement vrai dans tous les domaines.
Un peu de nexialisme ferait vraiment du bien a la communaute scientifique.



Pour les loups, si j'avais ete reviewer du papier, 18 loups gris ne m'auraient pas gene. Mais tu as souligne des limitations de l'etude avec lesquelles je suis d'accord.

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Sylvaner
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Message par Sylvaner » ven. janv. 25, 2013 9:45 am

On ne peut plus d'accord sur la nécessité de faire travailler les biologistes moléculaire avec les spécialistes de leur objet d'étude. On se retrouve un peu dans le même cas qu'avec les informaticien depuis les 80 : en bio mol on maîtrise un outil, mais ce n'est pas une raison pour prendre de haut tout ce qui a été trouvé sans cet outil...


Sinon je me souviens du problème (passionnant et chiant) de la validation statistique des résultats pendant mon bref passage en recherche. J'ai oublié le peu que j'avais appris, mais en gros je me souviens de la tendance à essayer de faire rentrer du "Student's t test" partout, même dans des résultats qui ne s'y prêtent pas (par exemple l'identification de groupes discontinus dans une population - de cellules - qu'on croyait homogène).

Les stats sont très pertinentes pour valider un résultat quantitatif, avec un intervalle de confiance, mais beaucoup plus délicates pour "trouver" un résultat qualitatif : "il y a" ou "il n'y a pas"...
... d'ailleurs, dans tous les labos du monde on commence par des résultats préliminaires, statistiquement non significatifs, puis on décide qu'"il y a quelque chose" et on investit davantage pour avoir des nombres publiables. Ça prouve bien, quelque part, qu'il y a une certaine fiabilité du résultat non significatif !

C'est un peu comme la volonté imbécile de faire rentrer de force de la "démarche qualité" dans les services de recherche et développement de toutes les boîtes : si c'est pertinent d'assurer la qualité en production, c'est bien plus douteux en recherche.
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Message par Fabien Lyraud » ven. janv. 25, 2013 6:36 pm

Otocyon Müller, 1836 — Renard à oreilles de chauve-souris.
Lui, il a un bonne tête. :D
Bienvenu chez Pulp Factory :
http://pulp-factory.ovh


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Hoêl
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Message par Hoêl » ven. janv. 25, 2013 10:31 pm

Fabien Lyraud a écrit :
Otocyon Müller, 1836 — Renard à oreilles de chauve-souris.
Lui, il a un bonne tête. :D
Batfox ?
"Tout est relatif donc rien n'est relatif !"

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Message par Fabien Lyraud » sam. janv. 26, 2013 10:27 am

Hoêl a écrit :
Fabien Lyraud a écrit :
Otocyon Müller, 1836 — Renard à oreilles de chauve-souris.
Lui, il a un bonne tête. :D
Batfox ?
C'est mignon comme tout, une vraie peluche vivante.
http://chezminette87.c.h.pic.centerblog ... ubw793.jpg
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Message par Sylvaner » lun. janv. 28, 2013 11:12 am

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Message par Bull » lun. janv. 28, 2013 4:31 pm

Oui, j'avais vu passer. Je pensais que tu avais ce papier en arrière pensée quand tu es intervenu.

Cela rejoint ce que nous disions ci-dessus : la biologie moléculaire n'est qu'un simple outil.

Attention aux sur-interprétations.

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Message par Patrice » lun. janv. 28, 2013 7:31 pm

Salut,

Tiens, au fait, je viens tout juste de me rappeler d'un autre cas rigolo, avec des grenouilles.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Rana_kl._esculenta

A+

Patrice

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