News 6:résistance aux antibiotiques/Pingouins d'antarctique

[Bull]

Cette semaine, dans le Journal of Antimicrobial Chemotherapy (JAC, un bon journal de microbiologie), un article sur la découverte de bactéries résistantes aux antibiotiques chez des Pingouins d'antarctique. L'antibiotique concerné est la tétracycline.

J Antimicrob Chemother. 2008 May 16.

Occurrence and diversity of the tetracycline resistance gene tet(M) in enteric bacteria of Antarctic Adelie penguins.

Rahman MH, Sakamoto KQ, Nonaka L, Suzuki S.

Détail amusant, ils concluent leur article par :

We also suggest that Antarctic Ade´lie penguins may act as a
reservoir for Tcr bacteria because they have the potential to
spread these Tcr bacteria to their young through regurgitation
feeding and throughout the Antarctic ecosystem via faecal
contamination.

Ce qui est exactement le contraire de la conclusion d'un article de votre humble serviteur, dans le même journal, il y a deux ans.

En effet, nous avions plutôt retrouvé que plus les animaux vivaient loin de l'homme, plus la résistance aux antibiotiques diminuait.

Très forte résistance aux antibiotique chez les chat/chien, un peu plus faible chez les animaux de ferme, un peu plus faible chez les animaux sauvages de la foret de fontainebleau (d=1h/km2), encore plus faible chez les animaux sauvage des montagnes pyrénéennes (d=50h/km2), et quasiment absente des animaux vivant dans un environnement avec la densité humaine inférieur à 1h/km2...dont les pingouins d'antarctique.

En fait, la première résistance aux antibiotiques à apparaître, chez les animaux sauvages, était justement la résistance à la tétracycline.

Alors que nous avions travaillé sur les souches "dominantes" de la flore intestinale, c'est à dire des E. coli, alors que les Japonais ont travaillé sur l'ensemble de la flore intestinale (soit 10e6 à 10e9 plus de souches), un peu à la sauvage, en utilisant la selle en entier.

Hop, je mets la selle sur une gélose aux antibiotique, et hop je regarde si quelque chose pousse.
Ce qui est certes plus sensible, mais beaucoup moins spécifique.

C'est presque "normal" qu'ils aient trouvé ces

The Tcr bacteria represented 0% to 0.54% of the total viable count.

Avec la même technique, nous avons trouvé, dans une autre étude, chez l'homme et les animaux domestiques, plus de 50% de souches résistantes.

We also suggest that Antarctic Ade´lie penguins may act as a
reservoir for Tcr bacteria because they have the potential to
spread these Tcr bacteria to their young through regurgitation
feeding and throughout the Antarctic ecosystem via faecal
contamination.

N'importe quoi !

C'est avec ce genre de conclusion "sexy" que les industriels ont pendant des années défendus la sur-consaommation en antibiotiques, car la source de la résistance n'est pas l'Homme, mais la Nature.

En fait, ce résultat me semble surtout être la triste preuve que l'Homme commence même à toucher l'ecosystème des animaux sauvages, oui. Pas que cet écosystème est le reservoir.
Alors certes, cette contamination reste encore légère, et ne touche pas encore la flore dominante (les E. coli).

Mais...



Quand les animaux sauvages auront effectivement des souches résistantes aussi bien dans la flore sous-dominante que dans la flore dominante, la "boucle sera bouclée", et je vois mal, comment, lorsque ce stade sera atteint, on pourra faire diminuer le niveau de la résistance. On se "recontaminera" en permanence, même sans pression de sélection extérieure en antibiotique.

Ci dessous, l'abstract de mon précédent article dans le JAC :

J Antimicrob Chemother. 2006 Jun;57(6):1215-9.

Effect of human vicinity on antimicrobial resistance and integrons in animal faecal Escherichia coli.

Skurnik D, Ruimy R, Andremont A, Amorin C, Rouquet P, Picard B, Denamur E.

OBJECTIVES: To determine the level of antimicrobial resistance and the occurrence of class 1, 2 and 3 integrons in faecal Escherichia coli from several animal populations variously exposed to human contact. METHODS: A collection of 341 faecal E. coli isolates was constituted from several animal populations subject to various degrees of exposure to humans: 18 animals never exposed to humans (living in the Antarctic or Gabon), 71 wild animals living in a low human density area (mountainous region of the Pyrenees, France), 61 wild animals living in a higher human density area (Fontainebleau forest near Paris, France), and 128 extensively reared farm animals and 42 pet dogs, both living in the Pyrenees. Resistance to antimicrobial agents was determined by the method of disc diffusion and quantified using the resistance score of BE Murray, JJ Mathewson, HL DuPont, CD Ericsson and RR Reves (Antimicrobial Agents and Chemotherapy 1990; 34: 515-18). Integrons were characterized by triplex real-time PCR and sequencing. The absence of epidemiologic clones was confirmed by PCR-based methods. RESULTS: A gradient of resistance ranging from absence to high prevalence (resistance score of 18.7%) and a gradual increase in the prevalence of class 1 integrons (from 0% to 16%), both correlated with the increase in exposure to humans, were observed. In wild animals with little contact with humans, resistance, when present, was not mediated by integrons. CONCLUSIONS: Our findings firmly establish that the current prevalence of antimicrobial resistance found in animal faecal bacteria, as well as the prevalence of integrons, is clearly anthropogenic. The presence of integrons may constitute an adaptive process to environments whose antimicrobial pressure exceeds a certain threshold.

[Eric]

Quand tu dis que la boucle sera bouclée, quelles conséquences concrètes cela aura-t-il ?

La résistance aux anitbiotiques, chez l'homme, dépend de ce qu'il prend comme antibio, non ?

[Bull]

La résistance aux anitbiotiques, chez l'homme, dépend de ce qu'il prend comme antibio, non ?

En partie seulement. C'est la pression de sélection DIRECTE en antibitoiques.

Mais il y aussi la pression de sélection indirecte en antibiotiques.

Par exemple, dans un endroit assez clos comme un hôpital, la pression de sélection indiecte en antibiotiques est +++, et donc la prévalence de la résistance aux antibiotique des germes hospitaliers est bien plus grande que la prévalence de la résistance au sein des germes dits "communautaires" (en dehors de l'hôpital).

Donc le fait même d'entrer dans un hôpital, fait que l'on a, le plus souvent de manière temporaire, des germes résistants dans son tube digestif, sur sa peau etc...

Puis, retour en milieux communautaire, on se "purge" et cela revient comme avant.

Quand tu dis que la boucle sera bouclée, quelles conséquences concrètes cela aura-t-il ?

Ben, le principe de la campagne de publicité que nous avons lancé : "les antibiotiques ce n'est pas automatique", part du principe qu'en diminuant les pressions de sélection directes et indirectes en antibiotiques, le niveau de la résistance va baisser.

Pour l'instant, c'est encore vrai.

Mais si les animaux sauvages commencent à avoir un pool de gènes de résistance dans leurs flores commensales, on aura beau ne plus prescrire d'antibtioiques, les germes resistants et même multi-resistants resteront endémiques.

On ne pourra plus se "purger", quoi...

[Patrice]

Salut,

Une seule solution: les poulets à la javel américains.

A+

Patrice

[gutboy]

Il me semble que tout cela conforte ce que je professe depuis longtemps: éliminons tous les animaux sauvages. Une bonne fois pour toutes débarrassons nous de ces saloperies.
Non seulement nous aurons de la place pour des cinémas multiplex et des hypermarchés, mais en plus c'est bon pour la santé.

[Katioucha]

qui expliquait pourquoi il est important qu'un mère allaite son enfant car celui-ci nait sans flore intestinale et que c'est le rôle du lait maternelle de lui apporter la flore adéquate (adaptée aux bactéries locales).

Sauf que les sucs gastriques dézinguent le bon lait maternel avant qu'il n'aborde l'intestin. Le coup de l'allaitement, c'est juste parce que dans les maternités, c'est vachement plus simple de mettre le bébé au sein que de devoir fournir des biberons à tout le monde. Ce culte de l'allaitement me fout des vapeurs.

[gutboy]

Sauf que les sucs gastriques dézinguent le bon lait maternel avant qu'il n'aborde l'intestin. Le coup de l'allaitement, c'est juste parce que dans les maternités, c'est vachement plus simple de mettre le bébé au sein que de devoir fournir des biberons à tout le monde. Ce culte de l'allaitement me fout des vapeurs.

Ahaha, excellent. J'ignorais. Si c'est vrai, c'est excellent.

[Stéphane]

C'est sûr que dans les maternités, ils préfèrent donner le bébé à la mère plutôt que de devoir le surveiller eux-mêmes.
Mais il est vraiment préférable d'allaiter son enfant pour des raisons de défenses immunitaires.

[Bull]

Katioucha :

Petite rectification. L'acidité gastrique constitue une première barrière protective, c'est vrai. D'ailleurs je suis bien placé pour le savoir, je suis en train de me "battre" depuis 2 mois pour mettre au point un modèle de méningite néonatale chez des souris en les "gavant" de E. coli, et cette "idiote" d'acidité gastrique les protège trop bien. Pour le moment, héhéhé


Mais, et heureusment, cette barrière n'est absolument pas "infranchissable".
Par exemple le simple fait de voyager en pays étranger, avec un mode d'alimentation différent, change radicalement la constitution de la flore intestianle des voyageurs. (Beaucoup, BEAUCOUP d'études sur le sujet. Et si vous insistez, je vous mettrai des abstract de mes propres travaux, hihihi ). Puis au retour dans le pays d'origine, il faudra 3 semaines environ pour revenir à sa flore d'origine.

De même à la naissance, la flore intestinale se constituera par l'alimentation.
Oui, même si les sucs gastriques passent par là, entièrement par l'alimentation.

Et le nouveau né acquiera une flore "normale", proche de celle de l'adulte, d'autant plus vite que l'allaitement est maternel.

Deux abstracts ci-dessous :

1) Synthèse sur les différences de la flore du nouveau-né après allaitement versus lait de vache.

2) Met plus l'accent sur les différences quant à l'acquisition de notre système immunitaire.

Avis personnel :
Ces différences sont TRES importantes...pour les pays avec un fort taux de mortalité infantile. En France et Cie, on ne meurt pas et on n'est pas malade, à ces âges là (je sais je généralise, mais bon). Donc à la mère de choisir...


Crazy Guide, je suis d'accord avec toi :

Il y a autant de différence entre ta "Théorie" et toute la littérature scientifique qui l'a contredit qu'entre les Créationistes et toute la littérature scientifique qui l'a contredit

Adv Pediatr. 1999;46:353-82.

Protective nutrients and bacterial colonization in the immature human gut.Dai D, Walker WA.

Shanghai Institute for Pediatric Research, Shanghai Second Medical University, China.

The normal human microflora is a complex ecosystem that is in part dependent on enteric nutrients for establishing colonization. The gut microbiota are important to the host with regard to metabolic functions and resistance to bacterial infections. At birth, bacterial colonization of a previously germ-free human gut begins. Diet and environmental conditions can influence this ecosystem. A breast-fed, full-term infant has a preferred intestine microbiota in which bifidobacteria predominate over potentially harmful bacteria, whereas in formula-fed infants, coliforms, enterococci, and bacteroides predominate. The pattern of bacterial colonization in the premature neonatal gut is different from that in the healthy, full-term infant gut. Those infants requiring intensive care acquire intestinal organisms slowly, and the establishment of bifidobacterial flora is retarded. A delayed bacterial colonization of the gut with a limited number of bacterial species tends to be virulent. Bacterial overgrowth is one of the major factors that promote bacterial translocation. The aberrant colonization of the premature infant may contribute to the development of necrotizing enterocolitis. Breast-feeding protects infants against infection. Oligo-saccharides and glycoconjugates, natural components in human milk, may prevent intestinal attachment of enteropathogens by acting as receptor homologues. Probiotics and prebiotics modulate the composition of the human intestinal microflora to the benefit of the host. These beneficial effects may result in the suppression of harmful microorganisms, the stimulation of bifidobacterial growth, or both. In the future, control and manipulation of the bacterial colonization in the neonatal gut may be a new approach to the prevention and treatment of intestinal infectious diseases of various etiologies.

Semin Neonatol. 2002 Aug;7(4):275-81.

The role of breastfeeding in prevention of neonatal infection.

Hanson LA, Korotkova M.
Department of Clinical Immunology, Göteborg University, Guldhedsgatan 10, SE-41346, Göteborg, Sweden. lars.a.hanson@immuno.gu.se

The immune system of the human newborn is of very limited size. It expands rapidly, especially due to the exposure to the gut microflora. Normally the newborn is colonized with microbes from the mother's intestinal flora at and after delivery. The many defence factors of the mother's milk include large amounts of secretory IgA antibodies produced by lymphocytes which have migrated from the mother's gut to the mammary glands. Therefore the SIgA antibodies are mainly directed against the mother's previous and recent gut microflora. Thus breastfeeding modulates the early exposure of the neonate's intestinal mucosa to microbes and limits bacterial translocation through the gut mucosa. This may be a major reason why breastfeeding protects efficiently against neonatal septicaemia, as well as several other infections. The defence factors of the milk prevent infections already at the mucosal level. The transplacentally obtained maternal IgG antibodies protect primarily in tissues and do so at the cost of cytokine-induced clinical symptoms, tissue engagement and high energy consumption. Copyright 2002 Elsevier Science Ltd.

[Sand]

J'ai pas tout suivi, j'ai la flemme : est-on resté sur le problème de l'antibiorésistance ?

En ce cas, je viens de tomber sur une drôle d'info, à prendre avec des tas de pincettes, mais qui suscitera peut-être des pistes de recherche, allez savoir...

http://fr.wikipedia.org/wiki/Manuka (rubrique "miel de manuka")

NB : ce miel arrive sur le marché en gélules dans des compléments alimentaires (sans allégations)

A part ça je suis obligée d'appuyer Bull. Mes cours de biologie remontent à loin et je suis rouillée, mais je me souviens parfaitement que le système immunitaire fonctionne de façon acquise. Impossible de transmettre un caractère acquis.

[Bull]

Sand :

Sur le miel de Manuka, comme précisé dans l'article de Wikipédia, il n'a pas d'effet antibiotiques, mais un effet antiseptic. Bref, à reserver aux "bobos" sur la peau. Plus ou moins graves.

Après, des études sont actuellement en cours, pour comprendre le comment de cet effet.

Ci-dessous deux abstracts de deux articles relativement récents sur le mécanisme d'action.

Par ailleurs, chercher d'autres voies que les antibiotiques pour lutter contre les bactéries multi-résistantes est une excellente idée. Mais nom de D. quel chemin il reste à parcourir.

Il y a quelques années, une ingénieur travaillait dans le labo, en collaboration avec une start-up, pour développer des propriétés très prometteuses de molécules issues de venin de serpent et de méduses.

Les premiers résultats, sur gélose, étaient très intéressants. Puis...faillite de la stat-up.
Projet abandonné.

J Antimicrob Chemother. 2006 Oct;58(4):773-7.

Free radical production and quenching in honeys with wound healing potential.

Henriques A, Jackson S, Cooper R, Burton N.
School of Applied Sciences, University of Wales Institute Cardiff Llandaf Campus, Western Avenue, Cardiff CF5 2YB, UK.

OBJECTIVES: Honey-impregnated wound dressings are now available on drug tariff in the UK, though the modes of action of honeys with antibacterial and wound healing properties are not entirely clear. The action of some but not all of these honeys is linked to the production of hydrogen peroxide on dilution of the honey with wound exudate. The present study investigates both free radical production and the antioxidant potential of some honeys, properties which may have a role to play in wound healing. METHODS: Free radical production and quenching of three honey types (manuka, antibacterial but non-peroxide-producing; pasture, antibacterial peroxide-producing; commercial heat processed, non-antibacterial) was investigated by electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy; quenching was also examined using a superoxide quenching assay. RESULTS: All honeys tested had antioxidant potential, with manuka able to completely quench added radicals within 5 min of spiking. Only the peroxide-producing honey (pasture PS9) was found to form radicals on dilution. CONCLUSIONS: The ability to modulate production and quenching of free radicals may contribute to the demonstrated ability of some honeys to help in resolving the state of inflammation typifying chronic wounds.

J Leukoc Biol. 2007 Nov;82(5):1147-55.

A 5.8-kDa component of manuka honey stimulates immune cells via TLR4.

Tonks AJ, Dudley E, Porter NG, Parton J, Brazier J, Smith EL, Tonks A.
Department of Medical Microbiology, School of Medicine, Cardiff University, Heath Park, Cardiff, UK. tonksaj@cf.ac.uk

Honey is used as a therapy to aid wound healing. Previous data indicate that honey can stimulate cytokine production from human monocytes. The present study further examines this phenomenon in manuka honey. As inflammatory cytokine production in innate immune cells is classically mediated by pattern recognition receptors in response to microorganisms, bacterial contamination of honey and the effect of blocking TLR2 and -4 on stimulatory activity were assessed. No vegetative bacteria were isolated from honey; however, bacterial spores were cultured from one-third of samples, and low levels of LPS were detected. Blocking TLR4 but not TLR2 inhibited honey-stimulated cytokine production significantly. Cytokine production did not correlate with LPS levels in honey and was not inhibited by polymyxin B. Further, the activity was reduced significantly following heat treatment, indicating that component(s) other than LPS are responsible for the stimulatory activity of manuka honey. To identify the component responsible for inducing cytokine production, honey was separated by molecular weight using microcon centrifugal filtration and fractions assessed for stimulatory activity. The active fraction was analyzed by MALDI-TOF mass spectroscopy, which demonstrated the presence of a number of components of varying molecular weights. Additional fractionation using miniaturized, reverse-phase solid-phase extraction resulted in the isolation of a 5.8-kDa component, which stimulated production of TNF-alpha via TLR4. These findings reveal mechanisms and components involved in honey stimulation of cytokine induction and could potentially lead to the development of novel therapeutics to improve wound healing for patients with acute and chronic wounds.