Il y avait les Protéines.
Il y avait les Virus.
Il y avait les Bactéries
Il y avait les Parasites
Puis les "êtres" plus évolués.
Avec un "gap" entre les protéines et les virus et un "gap" entre les virus et le "reste"
Ci dessous un arbre de ce reste, où l'on voit bien trois grandes familles :
"Les bactéries", "les "archées-bactéries" et "les eucaryotes", dont l'Homme.
Il sembait clair pour tout le monde que les protéines n'étaient pas des créatures vivantes.
Bactéries et autres oui, et la question se posait donc de savoir si les Virus, ces structures très primitives, sans "machinerie" propre étaient des êtres vivants ou pas.
Puis... découverte des prions.
Des protéines un peu plus complexes que d'habitues, mais pas tellement, et surtout, surtout réels agents infectieux.
Si vous considérez que les Protéines ne sont pas vivantes et les Virus si, comment considérez-vous les Prions ?
Vivants, pas vivants ?
Si ce sont des créatures vivantes, quelles protéines considérez-vous comme vivantes et quelles autres comme non vivantes.
Le plus simple pourrait donc de simplifier tout cela en "proclamant" que les Bactéries, les Archées et les Eucaryotes, c'est La Vie. Les Virus, non. Les Virus ne sont que des bouts d'ADN ou des bout d'ARN un peu tordus. Mais pas la "Vie", ça non.
Et puis d'abord ils sont trop petits.
OK.
Sauf que non.
Didier Raoult de Marseille (cocorico) a bouleversé tout cela il y a quelques années en mettant en évidence le Mimivirus. (Abstract ci-dessous).
Or les mImivirus, sont aussi grands, voire plus grands que certaines Bactéries, ont certaines propriétés des Virus mais ce ne sont pas vraiment des virus.
Bref, un véritable chainon intermédiaire entre Virus et Bactérie.
Du coup, nous avons maintenant :
-Protéines
-Prions
-Virus
-Mimivrus
-Bactéries
-Parasites
-Etc...
Où commence la vie ???
Je remets donc ici mon arbre précédent.
J'espère qu'il est plus claire :
Inutile de vous dire que cette découverte a boulversé toutes les définitions pré-existentes sur "qu'est-ce qu'un virus ?"Science. 2004 Nov 19;306(5700):1344-50.
The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus.
Raoult D, Audic S, Robert C, Abergel C, Renesto P, Ogata H, La Scola B, Suzan M, Claverie JM.
Unité des Rickettsies, Faculté de Médecine, CNRS UMR6020, Université de la Méditerranée, 13385 Marseille Cedex 05, France. Didier.Raoult@medecine.univ-mrs.fr
We recently reported the discovery and preliminary characterization of Mimivirus, the largest known virus, with a 400-nanometer particle size comparable to mycoplasma. Mimivirus is a double-stranded DNA virus growing in amoebae. We now present its 1,181,404-base pair genome sequence, consisting of 1262 putative open reading frames, 10% of which exhibit a similarity to proteins of known functions. In addition to exceptional genome size, Mimivirus exhibits many features that distinguish it from other nucleocytoplasmic large DNA viruses. The most unexpected is the presence of numerous genes encoding central protein-translation components, including four amino-acyl transfer RNA synthetases, peptide release factor 1, translation elongation factor EF-TU, and translation initiation factor 1. The genome also exhibits six tRNAs. Other notable features include the presence of both type I and type II topoisomerases, components of all DNA repair pathways, many polysaccharide synthesis enzymes, and one intein-containing gene. The size and complexity of the Mimivirus genome challenge the established frontier between viruses and parasitic cellular organisms. This new sequence data might help shed a new light on the origin of DNA viruses and their role in the early evolution of eukaryotes.
Cette équipe vient donc juste de proposer, cette fois ci dans Nature, une nouvelle définition :
Nat Rev Microbiol. 2008 Apr;6(4):315-9.
Redefining viruses: lessons from Mimivirus.
Raoult D, Forterre P.
Unité des Rickettsies, IRD-CNRS UMR 6236, IFR-48, Faculté de Médecine, 27 Bd Jean Moulin, 13385 Marseille, France. didier.raoult@gmail.com
Viruses are the most abundant living entities and probably had a major role in the evolution of life, but are still defined using negative criteria. Here, we propose to divide biological entities into two groups of organisms: ribosome-encoding organisms, which include eukaryotic, archaeal and bacterial organisms, and capsid-encoding organisms, which include viruses. Other replicons (for example, plasmids and viroids) can be termed 'orphan replicons'. Based on this suggested classification system, we propose a new definition for a virus--a capsid-encoding organism that is composed of proteins and nucleic acids, self-assembles in a nucleocapsid and uses a ribosome-encoding organism for the completion of its life cycle
argh sand, tu mériterais d'être pendue pour ça...
