Nous sommes en l’an 3261. Suite à une catastrophe planétaire sans précédents, seule une poignée d’humains a pu se réfugier dans une cité souterraine baptisée Renaissance. Mais cet abri providentiel prend rapidement des allures de prison : divisé en quartiers visant à séparer les différentes classes de la société (la Cave, le Grenier, le Cocon...), il est régi par les Elus, qui dirigent despotiquement la population démunie de Renaissance.
Au sein de cette colonie sans soleil et sans chaleur, dans le quartier des nantis (le Cocon), une adolescente surdouée, E-Den, rêve de devenir médecin au grand dam de sa mère qui l'a inscrite de force à l'école militaire.
Sa destinée prend subitement un tout autre chemin que celui qu’elle avait imaginé : elle découvre un jour le journal de bord secret de son père et une lettre qui lui est adressée. C’est décidé, elle va tenter de le rejoindre à la surface de la Terre en bravant les interdits et en empruntant le souterrain situé dans la Cave...
Heureusement que Snoop, son racureuil parlant, et Siméon, un jeune garçon un peu sauvage, l’accompagnent dans son périple...